Genelgeye göre, SBS ve PYBS'ye, ilköğretim 6'ncı sınıflar 13 Haziran 2009, 7'nci sınıflar 7 Haziran 2009, 8'inci sınıflar 6 Haziran 2009'da girecek. İlköğretim 5 ile ortaöğretim 9, 10 ve 11'inci sınıflar için PYBS ise 3 Mayıs 2009'da yapılacak. SBS için başvurular, 2-20 Mart 2009'da T.C kimlik numarasıyla bankaya yatırılacak 10 TL sınav ücreti ile yapılacak. Okul müdürleri, velilere ve öğrencilere sınav ile ilgili rehberlik edecek. Okul yöneticileri başvuru tarihleri arasında e-Okul sisteminden
öğrencilerin başvuru yapıp yapmadığını kontrol edecek. Başvuru yapmayan öğrenciler belirlenerek, başvuru yapmama sebepleri araştırılacak.

PYBS'ye başvuru ücreti, ilköğretim 6, 7 ve 8'inci sınıflarda 2-20 Mart 2009, ilköğretim 5 ile ortaöğretim 9, 10 ve 11'inci sınıflarda 23 Mart-3 Nisan 2009'da kılavuzda belirtilen banka şubelerine 10 TL olarak yatırılacak. SBS için başvuruda bulunan öğrenciler ayrıca ücret yatırmayacak. Bu sınava girecek tüm öğrenciler için, sınav ücretini yatırdıktan sonra ayrıca öğrenim gördüğü okullardan elektronik başvuru yapılacak.İlköğretim 6, 7 ve 8'inci sınıf öğrencileri PYBS'ye başvurmaları halinde
ayrıca bir sınava girmeyecek, SBS sonuçlarına göre PYBS puanı hesaplanacak. Polis Koleji için başvuru şartlarını taşılan öğrenciler ise 1-10 Nisan
2009'da ''http://www.meb.gov.tr'', ''http://oges.meb.gov.tr'' ile ''http://e-okul.meb.gov.tr'' adreslerinden başvuruda bulunabilecek.

Yatılı İlköğretim Bölge Okullarının (YİBO) 8'inci sınıfında yatılı öğrenci olarak öğrenim gören ve YİBO kontenjanından yararlanarak sınavsız olarak ortaöğrenimlerine pansiyonlu okullarda devam etmek isteyen öğrencilerin başvuruları ise 23 Mart-3 Nisan 2009'da alınacak. Okul müdürlükleri, okulunda özel hizmet alması gereken özürlü öğrenci varsa bu öğrencileri bağlı bulunduğu Rehberlik ve Araştırma Merkezi (RAM) Müdürlüğüne yönlendirerek özür bilgilerinin sisteme işlenmesini sağlayacak.
İlk defa bu yıl, görme engelli öğrenciler için tercihlerine göre farklı yöntemlerde sınav uygulaması yapılabilecek. Bu öğrenciler okullarından SBS için elektronik ortamda yöntem tercihi yapacak. Sınavlara tüm başvuru işlemlerinin doğruluğundan okul müdürlüğü ve adayın velisi sorumlu olacak.

Sınav anında bireyin yetersizliğiyle ilgili ortaya çıkabilecek sorunları en aza indirmek amacıyla sınav salonunda görevlendirilecek öğretmenler, öncelikli bireyin özrüne uygun branşlardan, öğretmen bulunmadığı takdirde özel eğitim öğretmeni veya rehber öğretmenlerinden görevlendirilecek.